鲸鲨是滤食动物，以浮游生物、巨大的藻类、磷虾与小型的自游动物为食。它们的牙齿不是扮演觅食的功用，事实上它的尺寸并不大。取而代之的是：鲸鲨吸进一口水，闭上嘴巴，然后从鳃来排出水。在嘴巴关闭与鳃盖打开之间的短暂期间，浮游生物就被排列在鳃与咽喉的皮质鳞突所困住。鲸鲨聚集在贝里斯加勒比地区海域的礁石区，捕食巨大巴西笛鲷的鱼卵，这些卵会出现在5、6、7月的满月与弦月之间。鲸鲨的主要食物是磷虾、蟹幼体、海蜇、沙丁鱼、凤尾鱼、鲭鱼、小金枪鱼和鱿鱼。 鲸鲨是种活跃的滤食生物，靠着嗅觉来攻击浮游生物或鱼类这些目标。鲸鲨在觅食时不需要向前游泳，它们经常被观察到上下摆动着来吸入海水与排出它来得到食物。
