政治上：元朝设行省给了宰相很大权力，后期甚至左右皇位继承； 清朝中央集权高度集中，君主专制达到巅峰，革除了议政王大臣会议，各机构实权都归于皇帝。
经济上：元朝更重视放牧，清朝重视农耕，蒙古对商业并不是很抑制，商品经济得到了发展；清朝重农抑商严重，虽重视农业，但阻碍了社会进步。
文化上：元朝更倾向于自己的文化，对汉族文化很排斥，甚至皇帝都没几个会说汉语的；还把人种划分等级。而清朝基本就是被汉文化同化了，对汉文化十分推崇，学习。
科技上：元朝科技进步高，军事科技水平也有很明显进步，生活方面也有。到清朝，由于文字狱等原因科技进步上明显慢了许多。
