法院是不是古代的衙门

当然不是。不要说两者之间不能比较，如果你非要比较，法院是就法律而裁决判决等的地方；而古代的衙门则是除了当时法律的执行裁判等外，还包括当时的政策执行等，它兼有了当时当地政府部门的职能，而现在的法院没有那么大的权利，更专一、更权威。