楼兰古国消失可能有多种原因造成的：
环境恶化：楼兰为丝绸之路的必经之地，游牧国家经常在楼兰国土上挑起战争，使水利设施和植被受到严重破坏。据《水经注》记载，东汉以后，楼兰严重缺水，水资源的缺乏使得楼兰古城居民只得弃城出走，留下死城一座，楼兰终于被沙丘湮没；罗布泊的南北游移：斯文·赫定认为，罗布泊南北游移的周期是1500年左右，3000多年前有一支欧洲人种部落生活在楼兰地区，1500多年前楼兰再次进入繁荣时代，这都和罗布泊游移有直接关系；丝绸之路北道的开辟：哈密、吐鲁番的丝绸之路北道开通后，经过楼兰的丝绸之路沙漠古道被废弃，楼兰也随之失去了往日的光辉；消失于战争：公元五世纪后楼兰开始衰弱，北方强国入侵，楼兰城破，后被遗弃；生物入侵：一种从两河流域传入的蝼蛄昆虫，在楼兰没有天敌，生活在土中，能以楼兰地区的白膏泥土为生，成群结队地进入居民屋中，人们无法消灭它们，只得弃城而去。
