基因不同，中国人的祖先，按比例来算，主体是黄河流域的原生民族，每个方言区都至少有一半人是此民族的后代，其次是壮侗语系民族（即百越），再其次是蒙古语系或通古斯语系民族，这跟蒙元满清入侵中原有关，但不能说某地中国人全是越人或全是胡人的后代。而日本人的祖先，四成是起源于中亚的绳文人，其直系后代是阿伊努人，绳文人是日本的原住民，是日本的统治者，也是和族精神的起源，另有三成是东北亚来的弥生人，正是他们把日语带到日本，有近两成日本人的祖先是古代北方和江南的中国人，这符合历史上的汉文化传播。
中日文化也不相同，比如中国人注重物质，日本人注重精神，中国人说话大声，总是吵吵闹闹的，日本人说话小声，喜欢安静，中国人喜欢给人添麻烦，日本人则是尽量不给人添麻烦。中国人性格像美国人，日本人性格像欧洲人。
